肖宾简历

基本信息

姓名: 肖宾 | 性别: 男
联系电话: 185-7164-xxxx | 邮箱: xiaobin-phd@gmail.com

教育背景

• 华中农业大学（211） 水产动物医学 | 硕士 (2019.09 - 2022.06)
• 连续三年获得研究生奖学金一等奖，并以第一作者发表 SCI 论文一篇。
• 华中农业大学（211） 水产养殖学 | 本科 (2015.09 - 2019.06)
  • 获得“三好学生”、“优秀团员”及“优秀部长”等荣誉。

工作经历

• 华大智造科技有限公司 生信分析工程师 (2022.07 - 2023.07)
  • 负责测序仪等相关的技术支持，NGS 数据的问题排查，结果报告的撰写及生物学意义解读。

项目经历

粘孢子虫毒液相关基因的多样性、进化研究

• 转录组组装: 基于 NGS 测序数据，使用 Trimmomatic 和 Trinity 进行转录组的过滤和从头组装
• 毒液基因挖掘: 基于双向最佳比对（RBBH）原则，使用 BLAST 及 HMMER 挖掘粘体动物毒液基因
• 比较基因组学分析: 使用 OrthoFinder 寻找单拷贝直系同源基因，并进行序列比对、构建系统发育树；使用 PAML 和 HyPhy 分析毒液基因选择压力，探究其进化模式

MH-Kunitz 蛋白的比较基因组研究

• 序列收集与筛选: 通过 venom zone 毒液数据库，筛选得到 113 条 Kunitz 蛋白非冗余序列，探究生物界中 Kunitz 蛋白的分类学分布、序列多样性和起源演化
• 蛋白结构域分析: 使用 NCBI 的保守结构域搜寻工具分析 MH-Kunitz 结构，并结合序列比对，发现粘体动物的 MH-Kunitz 中发生了 KU 结构域加倍事件
• 蛋白质三维结构预测与分子对接: 使用 AlphaFold2 预测 MH-Kunitz 的三维结构，并使用 Pymol 进行分子叠合。通过 ZDOCK 进行分子对接，发现 MH-Kunitz 可能具有胰蛋白酶抑制剂功能

粘体动物内寄生适应机制研究

• 基因组组装: 基于 NGS 和 SMRT 测序数据，使用 SOAPdenovo 和 FALCON 组装洪湖碘泡虫的基因组
• 基因组注释: 使用 BRAKER、MAKER、PASA 等软件进行基因组结构注释
• 基因获得与缺失分析: 利用双向 BLASTP 方法，检测 5 种粘体动物种发育信号通路、神经系统、肌肉分化和先天免疫等基因，分析粘体动物基因的扩张与收缩情况

食蟹猴脑组织的单细胞转录组分析

• 使用 DNBelab C 系列套装构建食蟹猴脑组织的单细胞转录组文库，通过 DNBSEQ 平台开展 PE100 测序
• 使用 STAR 与食蟹猴基因组比对，并通过 sambamba 进行序列排序，再用 PISA 生成细胞与基因 UMI 矩阵

科研成果

1. Bin Xiao^#, Qingxiang Guo, Yanhua Zhai and Zemao Gu*. Transcriptomic insights into the diversity and evolution of Myxozoa (Cnidaria, Endocnidozoa) toxin-like proteins. Marine Drugs, 2022, 20(5): 291. (Q2, IF = 6.1)
2. Qingxiang Guo^#, Stephen D. Atkinson^#, Bin Xiao, Yanhua Zhai, Jerri L. Bartholomew, Zemao Gu*. A myxozoan genome reveals mosaic evolution in the parasite group. BMC BIOLOGY, 2022, 20(1): 1-19. (Q2, IF = 7.4)

其它

• 专业技能: 熟练使用 Linux 操作系统，熟悉 Python、R 编程语言，掌握分子生物学实验
• 其他技能: Office，数据分析，论文撰写
• 语言: CET-6，无障碍阅读英文文献